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。洪门之中的有识之士也知道在民国时代，政治公开，秘密会社要想继续存在下去，就应当组成公开的政党，参与国内的政治活动并争取在国家政权中发挥作用，以维护广大侨胞的根本利益，提高华侨的政治地位。这也是处于清朝封建主义长期统治下被视为盗匪的广大会党成员要求享受民主权利，要求进步的正当愿望的反映。
在孙文回国，并成为临时大总统之后，海外洪门，特别是美洲致公堂热切地希望孙文能帮助致公堂实现在国内立案，成为合法组织的愿望。但这一愿望被不久前还对致公堂和海外洪门深表感谢的孙文及其党羽给破灭了。
1912年1月9日，加拿大维多利亚致公堂电贺孙中山就任大总统，同时提出派代表回国“组织一完全政党，故望大总统回念当日花亭之事，须要协力扶持完全政党之事”。29日，再函孙中山，告以已派代表回国办理政党事宜。“望大哥念花亭之秘密，高溪歃血之盟，况且大总统是洪门首领，正宜成政党以慰陈近南、郑成功之灵，慰同人仰望之心”。孙中山均没有予以回应。
3月，美洲致公堂的大佬黄三德实在有些等不及了，他亲自回国，向南京临时政府呈报洪门筹饷局大小文件及数目捐册，同时向已辞去临时大总统的孙文提出洪门在国内立案活动的要求。孙文要黄三德回广州后再议，并令其子孙科随同黄回广州。但当黄三德抵达广州后，孙文却对此事采取淡化处理，表面上满口应承，却要黄向广东都督胡汉民具呈。胡汉民却更轻视洪门，过河拆桥，竟然把此事抛在脑后，对黄三德的呈文不理不睬。时过一月，美洲致公堂在国内的立案请求仍毫无消息。
黄三德一再催促，孙文因黄逼得太紧，反而大怒。虽然孙文答应由其专函胡汉民，并要黄携另函到粤海关监督署与陈少白、史古愚商办此事。但胡汉民托词拒见黄三德。由此，黄三德认定孙、胡对洪门立案事“孙推归胡，胡又推归孙，两人扯猫尾，有意压迫洪门，不准其正式立案。盖为其自己组织政党起见，欲消灭洪门而吸收之，不愿意洪门再成势力也。此种心事真是对不起洪门。”
按当时情势来说，黄三德所说的孙文要消灭洪门之事或许有些夸大，但黄得出这个结论并非臆度，而是有其事实根据的。而且，黄的这一结论在其后民国10年的时候被孙、黄之间的再次争论所证实。
1911年5月，在孙文第三次赴美时，便作出了将致公堂与同盟会合并的决定，要求致公堂未曾参加同盟会的成员，一律加入同盟会，而所有同盟会成员也一律加入洪门致公堂。而国内会党组织，同样也是孙中山积极联络的对象。
辛亥革命胜利后，孙文改造会党的意思更为明确。他曾在一次演讲中曾公开说道：“洪门所以设会之故，系复国仇，倡于二百年前，实革命之导线，惟现下汉族已复，则当改其立会之方针，将仇视鞑虏政府之心，化而为助民国政府之力……人贵自重，须知国无法则不立。如其犯法，则政府不得不以法惩治之。惟自纳于范围之中，自免此祸，此相安之理由也。人要知取舍，譬如附船舣岸，既由此达彼，即当急于登岸，以出迷津，如仍在船中，便犯水险。”同时，孙文对会党表露出轻视之意，说会党“彼众皆知识薄弱，团体散漫，凭借全无，只能望之为响应，而不能用为原动力也”。
受孙文言行影响，许多革命党人认为，洪门等会党向来以恢复汉族统治为宗旨，如今目的已达，历史使命就已完成，也就没有在国内立案活动的必要。于是在“改朝换代”后，对于新生活还未来得及憧憬，会党们就突然发现，在他们曾出力打下的天下里，自己依然被称作“会匪”而遭到排斥。
一时间，镇压会党成为全国的潮流。江西、广东、四川、浙江、上海、安徽等地都对会党活动通行禁止。与此同时，全国的报纸也无一例外地表达着对会党的蔑视与敌意，批驳并谴责他们对于社会的危害。当时，不论是全国知名的大报，如《申报》《神州日报》《时报》《民立报》等等，还是那些茶余琐事的小报都充斥着控诉“会匪”闹事，或是各军政府镇压会党及帮会头目被正法等这类大快人心的消息。实事求是地说，这些会党中的确有一些害群之马，但范围如此之广、声势如此之大、力度如此之强的对会党进行打击，就决不是害群之马的原因了，其间更主要的原因是旧势力摇身一变，争权夺利，摘取胜利果实。看看民国后各省那些所谓的督军基本上都是清政府旧官僚出身就能明白了。
美洲致公堂在国内立案不成，加上国内曾是辛亥革命动力之一，且和洪门存在各种关系的会党遭受清洗，这两者结合起来应当算是洪门和孙文民国之初的第一次结怨。