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; 要迁都长安，必须先解决在关中手握重兵的左将军皇甫嵩，董卓想了一个办法，他以天子的名义征皇甫嵩为洛阳城城门校尉。
长安要成为新首都，长安所在的京兆尹就相当于河南尹了，也十分重要。目前担任京兆尹的是盖勋，就是洛阳大阅兵时跟灵帝在阅兵台上对过话的那个人，董卓以天子的名义征他为议郎。谁都能看出来，这是要解除二人的兵权。
诏书送达关中，皇甫嵩的长史梁衍建议：“董卓霸占京师，擅自废立，现在又征将军您，您如果去了，大则有生命之危，小则受困遇辱。趁现在董卓还在洛阳，天子即将西来，将军可以率众迎接至尊，奉令讨逆，袁绍等人在东，将军您在西，董卓可擒！”但皇甫嵩不敢接受这一类的建议，而是到洛阳就任。皇甫嵩一走，盖勋即使有想法也孤掌难鸣，只好随后去了洛阳。看到皇甫嵩自动送上门来，董卓大为高兴。
去年朝廷改任董卓为并州牧，诏令他把手下的人马交给皇甫嵩，董卓坚决不答应，为此跟朝廷一度陷入僵持，皇甫嵩曾上书朝廷，朝廷下诏责让董卓，董卓与皇甫嵩进一步结怨。现在皇甫嵩到了洛阳，董卓决定对他进行报复，马上授意有关官员上奏朝廷找了个借口诬陷皇甫嵩，董卓令人把皇甫嵩抓了起来，想把他杀了。
皇甫嵩的儿子皇甫坚寿跟董卓有一定交情，目前也在洛阳。董卓摆设酒宴大会宾朋，皇甫坚寿在席间突然抢到董卓面前和他辩理，责以大义，又叩头落泪，为父亲申冤求情。在座宾客深受感动，也纷纷替皇甫嵩求情，董卓这才离席而起，拉起皇甫坚寿和自己同座，并派人释放了皇甫嵩，任命他为议郎。
初平元年（190）2月17日，朝廷正式开始迁都。
迁都前，董卓派兵到洛阳周边四处抢掠。凉州军本来军纪就很差，对付老百姓以手段残忍而著称，接到董卓的命令，大家抢得更欢了，一时间洛阳周围地区成为人间地狱。董卓下令把洛阳一带所有富豪集中起来，胡乱安个罪名集体处死，财产全部没收。普通百姓强迫迁往长安，不愿意走的全都处死。
董卓下令在洛阳周围200里范围内大行烧光、抢光、杀光，还命令士兵开棺掘墓，盗取珍宝，邙山一带密集地排列着本朝多位先帝的皇陵和许多贵族的墓地，大都无法幸免。洛阳东边有个阳城，乡民正在举行祭神仪式，凉州军开到，立即大开杀戒，所有男人全部被杀，载着抢来的妇女，一路敲敲打打，宣称在前线打了胜仗。前线被抓住的俘虏情况更惨，凉州兵用布涂上油裹在他们身上，活活烧死，围观的人看着取乐。
经过半个多月的长途跋涉，献帝等一行于3月5日到达长安。长安城原有未央宫，是萧何主持下在秦章台基础上扩建的，规模宏大壮丽，但王莽失败后，汉军、赤眉军两次攻入长安，未央宫遭到焚毁。献帝仓促西迁，后宫及朝廷各署衙纷纷涌来，只好因陋就简，未央宫还无法居住，献帝只能在京兆尹府临时下榻。
董卓还在洛阳，司徒王允全面负责长安事务，他协调内外，尽量保证各项迁都事宜有序进行。未央宫在加紧整修下勉强可以入住，献帝不久搬入未央宫。
送走了献帝，董卓觉得有一件事该办了。3月18日，董卓命令司隶校尉宣璠斩太傅袁隗、太仆袁基。袁绍的生父袁逢、继父袁成都死了，袁隗、袁基是袁绍的叔父。董卓本想再留袁家人一阵，作为和袁绍、袁术谈判的筹码，现在既决定西迁长安，留着也没用了。袁家在洛阳的亲属有五十多口，全部被杀，连婴儿也不放过。袁氏遭灭门后，先被集中埋在洛阳城青城门以外、东都门以内的一个地方，上面做了标记。董卓后来担心有人来盗取，把他们又都挖出来，送到关中的郿坞。消息传到河内郡和鲁阳县，袁绍、袁术痛哭，誓报此仇。袁氏灭门之祸，董卓是凶手，但袁绍、袁术也无法脱去责任，他们决定兴兵讨伐董卓的时候就应该料到有这样的结局。
但这为袁绍争取到同情，感其家祸，很多人都来投奔他们，有些人虽然没有来到袁绍帐下，也打着袁绍的旗号起事。